故事讲述某年某月某日，全球各地的小朋友都收到一套不可思议的卡牌。玩家能从牌中召唤出来自异世界的、叫爆丸的怪兽进行格斗。。今作では8億円強奪事件の被疑者とみられる男の遺体が発見されたことから、一刻も早い事件解決を目指し特別措置としてキントリの臨時運用および必要人員の非常招集が決定する。。
